Lasy Nadleśnictwa Kościan narażone są na działanie wielu ujemnych czynników biotycznych, abiotycznych oraz antropogenicznych, przy czym ze względu na urozmaicony skład gatunkowy  drzewostanów istnieje mniejsze zagrożenie ze strony szkodliwych owadów pierwotnych i pożarów lasu.

Czynniki antropogeniczne

Jednym z powodów osłabienia drzewostanów jest obniżanie się poziomu wód gruntowych spowodowane działaniami melioracyjnymi, nie uwzględniającymi terenów leśnych, realizowanymi głownie dla gruntów rolnych.
Ważnym elementem  są zagrożenia lasu powodowane nadmierną penetracją obszarów leśnych przez ludzi, skoncentrowanym budownictwem letniskowym i związanym z tym zanieczyszczeniem lasu.   
Na terenie gminy Kościan od roku 2000 trwa eksploatacja  drugiego co do wielkości złoża gazu ziemnego  w Polsce,  liczne są odwierty gazu i lokalne żwirownie.
Wydobycie surowców mineralnych i ich przetwarzanie są przyczyną powstawania terenów zmienionych pod względem ekologicznej struktury krajobrazu i jego funkcji, zmianie ulegają warunki środowiska (fizyczne i chemiczne), co doprowadza do przekształcania struktury ekosystemu.

Czynniki biotyczne - zagrożenia od szkodników owadzich

Szkody w drzewostanach powodowane są przez występujące masowo organizmy żywe.
Dużym zagrożeniem dla terenów leśnych w Obrębie Mochy są występujące tam tzw. pędraczyska. Fakt występowania na tym terenie chrabąszcza majowego odnotowywany był od lat trzydziestych. Ostatnie lata charakteryzują się znaczną aktywnością chrabąszczowatych, a tym samym wzrostem poziomu szkodliwości.
Brak skutecznych środków i metod ochrony roślin przed pędrakami powoduje, że na obszarach licznej populacji chrabąszczowatych zakres działań ochronnych jest bardzo ograniczony, a osiągane efekty poniżej oczekiwań.
Ważnym zagadnieniem pojawiającym się podczas zagrożeń jest ochrona różnorodności biologicznej, a tym samym zwiększanie naturalnej odporności drzewostanów i środowisk leśnych na czynniki chorobotwórcze. W Nadleśnictwie Kościan systematycznie prowadzone są prace związane z ochroną  i propagowaniem pożytecznej fauny. Każdego roku wywieszane są skrzynki lęgowe, prowadzone jest dokarmianie ptaków.
Ważnym zagadnieniem jest także ochrona mrowisk. Przeprowadzona inwentaryzacja w roku 2000 wykazała 1917 kopców gatunku: mrówka rudnica (Formica rufa).

Czynniki biotyczne - zagrożenia od grzybów patogenicznych

Obok owadów, do najważniejszych czynników chorobotwórczych w lesie należą grzyby pasożytnicze. Spośród patogenów grzybowych największe zagrożenie istnieje ze strony huby korzeniowej, zwłaszcza w drzewostanach sosnowych na gruntach porolnych.
Na powierzchniach zagrożonych hubą korzeni powodowaną przez korzeniowca wieloletniego Heterobasidion annosum (Fr.) Bref. s.s. przeprowadza się zabieg smarowania czół pniaków, powstających podczas czyszczeń i trzebieży,  zawiesiną zarodników grzyba konkurencyjnego Phlebiopsis gigantea. Taki zabieg sztucznego wprowadzania do środowiska leśnego grzyba konkurencyjnego, saprofita żylaka olbrzymiego Phlebiopsis gigantea jest skuteczną metodą ograniczania występowania grzybów rodzaju korzeniowiec. Na terenach szczególnie zagrożonych konieczne jest wykonanie wielu zabiegów hodowlanych dla zwiększenia odporności drzewostanów, począwszy od przygotowania gleby, poprzez właściwy dobór składu gatunkowego zalesień i odnowień, sposobu zakładania uprawy, aż po odpowiednie zabiegi pielęgnacyjne. Dużym zagrożeniem jest także opieńka miodowa oraz osutka sosny, przy czym w ostatnich latach nie notuje się zwiększania występowania tych patogenów. Corocznie na szkółce ochrania się sadzonki przed szkodami powodowanymi przez choroby grzybowe.
 
Czynniki biotyczne - zagrożenia od zwierzyny

Szkody powodowane przez ssaki, głównie zwierzynę płową (jelenie, sarny, daniele) dotyczą przede wszystkim upraw, młodników oraz odnowień pod osłoną drzewostanu. W skrajnych przypadkach uniemożliwiają one prawidłowy rozwój młodego pokolenia lasu. W celu ograniczenia szkód w lasach stosowane są grodzenia upraw leśnych, zabezpieczanie drzewek środkami odstraszającymi zwierzynę oraz zakładanie osłonek przeciwko spałowaniu (obdzieranie zębami kory drzew).
Najczęstsze szkody w uprawach to zgryzanie głównie gatunków drzew liściastych, przede wszystkim dębu, w młodnikach – spałowanie na które najczęściej narażona jest sosna.
Najbardziej skuteczną formą ochrony  narażonych na zgryzanie gatunków drzew przed zwierzyną jest grodzenie. Grodzone są przede wszystkim uprawy z udziałem  dębu. Podstawowa formą zapobiegania szkodom od zwierzyny jest właściwe prowadzenie gospodarki łowieckiej – utrzymanie liczebności zwierzyny płowej dostosowanej do zmieniających się możliwości wyżywieniowych siedlisk leśnych oraz właściwej struktury płciowej i wiekowej populacji.
 
Ponadto preferowane są również inne metody biologiczne i mechaniczne ochrony lasu takie jak:
-         zakładanie remiz
-         wywieszanie skrzynek lęgowych
-         wykładanie pułapek feromonowych na owady
-         korowanie drewna zasiedlonego przez owady
-         zróżnicowanie składu gatunkowego drzewostanów
-         wprowadzanie krzewów
-         pozostawianie drzew dziuplastych.

Czynniki abiotyczne

Szkody abiotyczne powodowane są ujemnym oddziaływaniem na las czynników natury nieożywionej. Należą do nich niekorzystne wpływy czynników atmosferycznych oraz niekorzystne właściwości gleby.
Do czynników atmosferycznych mających największe znaczenie dla lasów Nadleśnictwa Kościan należą silne wiatry mogące wyrządzić znaczne szkody. Narażone są na nie szczególnie drzewostany znajdujące się na skraju lasu, oraz otaczające otwarte przestrzenie wewnątrz lasu (zręby, luki, gniazda).
Zagrożenie dla lasu stanowi także wysoka i niska temperatura. Z wysoką temperaturą łączy się często powstawanie na starszych drzewach zgorzeliny kory, a u siewek oparzeliny. Z kolei dla dębu, buka oraz świerka groźne są przymrozki późne, szczególnie w strefie kanałów Nizin Obrzańskich.
Problem stanowią także zmrozowiska. Tworzą je najczęściej niewielkie zagłębienia terenu, z panującą tu niższą temperaturą utrzymującą się znacznie dłużej w porównaniu z otoczeniem. W zmrozowiskach szczególnie trudne jest wyprowadzenie upraw.
Zagrożeniem dla trwałości drzewostanów jest również susza wynikająca z niewielkiej ilości opadów i obniżania się poziomu wód gruntowych, efektem czego jest silniej wydzielający się posusz i mniejsza udatność upraw.
Występujące okresowo podtopienia, szczególnie skoncentrowane na terenie leśnictw zlokalizowanych w dolinie kanałów Obry, powodują zamieranie całych fragmentów drzewostanów.

Zagrożenia powodowane przez zespół czynników biotycznych i abiotycznych

Nadleśnictwo boryka się z problemem pogarszania stanu zdrowotnego drzewostanów liściastych, głównie – jesionowych. Szczególnie niepokojącym jest zjawisko zamierania jesionu we wszystkich stadiach rozwojowych, prawdopodobnie spowodowane wystąpieniem licznych patogenów grzybowych.
Proces zamierania rozpoczyna się równocześnie wewnątrz i na obrzeżach drzewostanu, porażane są jesiony w różnym wieku. Czynnikami nasilającymi uszkodzenia są: przymrozki późne i wczesne, znaczne wahania poziomu wód gruntowych oraz  susza.
Obecnie w związku z masowym zamieraniem drzew i drzewostanów jesionowych ograniczono dalszą hodowlę tego gatunku w lasach poprzez ograniczenie hodowli jesionu na szkółce i zaprzestanie wprowadzania tego gatunku do upraw. Zamiennie na uprawy wprowadzane są inne gatunki liściaste.  Na powierzchniach zalesionych, gdzie jesion uległ całkowitemu porażeniu  przeprowadzane są poprawki przy użyciu gatunków zastępczych.