Na terenie Nadleśnictwa Kościan znajdują się trzy obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i dwa obszary ochrony siedlisk (SOO) programu Natura 2000

OSO:

PLB300004 „Wielki Łęg Obrzański" - Obszar ten zatwierdzono w 2004 roku. zgodnie z Standardowym Formularzem Danych w obszarze tym występuje co najmniej 17 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 7 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. W okresie lęgowym obszar zasiedla kulik wielki (ok. 4% populacji krajowej), błotniak zbożowy, kania czarna i kania ruda (co najmniej 1% populacji krajowej); w stosunkowo wysokiej liczebności występują: bocian biały oraz pustułka (około1% populacji krajowej).

PLB300005 „Zbiornik Wonieść"  - Obszar ten zatwierdzono w 2004 roku. Zgodnie z Standardowym Formularzem Danych obszar ten jest ważny głównie dla lęgowych i migrujących ptaków wodnych i błotnych. Stanowi cenną ostoję różnorodności biologicznej pośród rozległych obszarów intensywnie wykorzystywanych rolniczo. Szczególnie wartościowy dla gatunków lęgowych związanych z rozległymi, dobrze wykształconymi szuwarami: błotniak stawowy, bąk, bączek, które mają tu wysokie liczebności w skali regionu.Ponadto stanowi ważny punkt postojowy dla migrujących ptaków wodnych i błotnych: siewkowych, brodzących i blaszkodziobych.

PLB300011 „Pojezierze Sławskie"  - Obszar ten zatwierdzono w 2007 roku. Zgodnie z Standardowym Formularzem Danych występują tu co najmniej 23 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 7 gatunków z Polskiej czerwonej księgi zwierząt. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bąk, bączek, podróżniczek, i gęgawa. Występuje tu 22-50 par czapli siwej.

SOO:

PLH300014 „Zachodnie Pojezierze Krzywińskie"  Głównym walorem obszaru są cenne kompleksy łąkowo-torfowiskowe z bogatą florą higrofilną, kalcyfilną i halofilną, skupiającą wiele osobliwości florystycznych w skali Wielkopolski.

PLH300041 „Ostoja Przemęcka" Ostoja chroni 12 jezior zróżnicowanych pod względem troficznym (głównie eutroficznych). W granicach ostoi ważnymi siedliskami są także kwaśne dąbrowy, a także lasy łęgowe, grądy i ekstensywnie użytkowane łąki. Ostoja ma bardzo duże znaczenie w skali ponadregionalnej dla zachowania licznych populacji gatunków naturowych – rośliny selera błotnego Apium repens i chrząszcza jelonka rogacza Lucanus cervus, siedliska 9190-2 – kwaśnych dąbrów oraz siedliska 3140 – twardowodnych oligo- mezotroficznych jezior z podwodnymi łąkami ramienic (klasa Charetea fragilis). Ostoja chroni jedno z największych (pow. 344 ha) i najgłębszych (17,1 m głęb. maks.) jezior południowej Wielkopolski – Jezioro Dominickie.